ФМБА России является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции:

     - по нормативно-правовому регулированию в сфере медико-санитарного обеспечения работников отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда (в том числе при подготовке и выполнении космических полетов, проведении водолазных и кессонных работ);
     
     - по организации медико-биологического обеспечения спортсменов спортивных сборных команд Российской Федерации;
     
     - по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере здравоохранения;
     
     - по оказанию медицинской помощи;
     
     - по организации деятельности службы крови;
     
     - по федеральному государственному контролю (надзору) за обеспечением безопасности донорской крови и ее компонентов;
     
     - по проведению федерального государственного санитарно-эпидемиологического контроля (надзора) в организациях отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда (в том числе при подготовке и выполнении космических полетов, проведении водолазных и кессонных работ) и на отдельных территориях Российской Федерации (включая объекты и территории закрытых административно-территориальных образований, территории с опасными для здоровья человека физическими, химическими и биологическими факторами) по перечням, утвержденным Правительством Российской Федерации (далее - обслуживаемые организации и обслуживаемые территории);
     
     - а также функции по медико-санитарному обеспечению работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий (включая оказание услуг в сфере курортного дела, организацию судебно-медицинской и судебно-психиатрической экспертиз, трансплантацию органов и тканей человека);
     
     - по организации медико-социальной экспертизы работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий;
     
     - по организации и проведению медико-санитарных мероприятий по предупреждению, локализации и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, связанных с радиационными, химическими и биологическими инцидентами, авариями и террористическими актами, по проведению медико-санитарных мероприятий в зонах боевых действий и на прилегающих к ним территориях.
     
     Положением, утвержденным Указом Президента РФ от 02.07.2024 № 568, определены полномочия ФМБА и урегулированы вопросы организации деятельности ФМБА.